鲁滨逊在荒岛上制作大型独木舟时，主要使用以下材料：

树干

他选择岛上最大的一棵树，砍倒后作为独木舟的主体结构。这是制作独木舟的核心材料。

工具与技能

虽然未明确提及具体工具，但根据描述，他通过砍伐、加工（如制作木臼、木杵等）和组装完成独木舟的制作过程，体现了独立实践能力。

总结：

独木舟以天然树干为主材，结合个人工具和技能完成，属于鲁滨逊在荒岛上的重要生存实践。