根据搜索结果，《新还珠格格》的大结局存在不同版本，但核心信息如下：

永琪与小燕子的结局

- 新版结局中，永琪为完成额娘愉妃的遗愿（欣荣诞下绵亿）被迫回宫，与欣荣圆房并育有一子。他因此错过与小燕子的两年之约，导致两人分离。 - 小燕子留在大理与萧剑、晴儿生活，期间班杰明陪伴她，最终两人等待永琪归来，但永琪未归。

其他角色结局

- 紫薇与尔康在皇宫成婚，晴儿与箫剑也结为夫妻。 - 欣荣的结局存在争议，部分版本称其改嫁，但未明确说明。

争议与回应

- 网友对永琪“圆房”和“负心”行为表示不满，认为其牺牲小燕子不值得。 - 琼瑶通过官方微博为永琪辩护，称其“完成生命中最艰难的事”，并强调这是“为小燕子负责任”。

结论：

新版《还珠格格》中，永琪与小燕子因家族责任分离，未最终在一起。官方未明确提及两人后续关系，但结局以永琪回归大理、小燕子坚守等待为主线。