在《西游伏妖篇》中，孙悟空杀死段小姐（白骨精）的核心原因是保护唐僧免受其害。以下是具体分析：

段小姐的真实身份与威胁

段小姐实为白骨精的化身，她多次以美貌和言语迷惑唐僧，试图接近并加害于他。例如，她模仿段小姐的舞姿和言辞，导致唐僧产生误会。

孙悟空的职责与行动

孙悟空作为唐僧的护法，首要任务是保护师父免受妖怪侵害。段小姐作为妖怪的伪装，直接威胁到唐僧的生命安全，因此孙悟空果断出手将其击杀。

情感与矛盾的延伸

唐僧对段小姐的“情感”（实为妖怪的伪装）感到极度不满，而孙悟空则对唐僧的领导方式（如不分妖怪真假）感到愤怒。这种矛盾加剧了双方的对立，但段小姐的死亡本质是妖怪的阴谋。

后续的伏笔与象征

段小姐的魂魄被孙悟空保留（通过无定飞环），最终成为唐僧收服孙悟空的“关键”。这一设定既呼应了“因果循环”的主题，也暗示了段小姐与唐僧之间“未了之债”。

综上，段小姐的死亡是妖怪与护法之间冲突的直接结果，而孙悟空的行为则体现了其“降妖除魔”的使命感。